El 2 de Mayo de 1808 se subleva el pueblo madrileño contra el invasor francés. Cuando en Zaragoza se tuvo conocimiento de los sucesos del 2 de Mayo el pueblo se amotino y ante las promesas y largas dadas por el Capitán General Jorge Juan Guillelmi, fue depuesto y preso en el Castillo de la Aljafería. El pueblo se armó y nombró Capitán General a José de Palafox y Melci. La ciudad entonces tenía 55000 habitantes, que, unidos a los 1000 voluntarios de Huesca, formaron una fuerza que resistió a las tropas francesas en el primer de los dos sitios que sufrió durante esta guerra.

Zaragoza no era una plaza fuerte. Tras el primero de los sitios, sus defensas eran más los ríos Ebro y Huerva que las propias murallas, en las que tras el primer sitio se hicieron reformas considerables. La Aljafería y los conventos de los capuchinos y San José, defendían la ciudad por las zonas noroeste, sur y sureste, respectivamente; las ocho puertas de la ciudad tenían escasa consistencia y la fuerza artillera que se disponía era muy inferior a la francesa, siendo comunes las incursiones dentro de la ciudad, todas ellas repelidas por los habitantes de las misma.

La sublevación de Zaragoza contra Napoleón, el 24 de mayo de 1808, implicó para la ciudad y Aragón un gran esfuerzo bélico. Zaragoza soportó dos largos asedios. El primer Sitio comenzó el 5 de junio, tras las derrotas aragonesas en Tudela, Mallén y Alagón. El sitio duraría 62 días. El hambre en la ciudad sería aún peor que las balas o la artillería. 48.000 personas fueron víctimas del hambre, el tifus y otras enfermedades. 6.000 perecieron en la propia lucha. El 5 de agosto, los Franceses abandonan el sistio a causa de su derrota en Bailén (Andalucía).

El segundo Sitio, terrible y cruento, duró desde el 20 de diciembre hasta el 21 de febrero. El general Palafox, enfermo y sin recursos, rindió la ciudad, asolada y exhausta, cuando en sus calles había seis mil cadáveres sin enterrar. Durante el asedio, hubo luchas que duraron días para conquistar un solo edificio, habitación por habitación. Durante la heroica resistencia se forjaron personajes de leyenda, como la famosa Agustina de Aragón, retratada por Goya en sus Desastres de la Guerra. Goya vio en persona los efectos devastadores de los bombardeos artilleros. La resistencia de Zaragoza se hizo famosa en Europa y fue recordada por insignes escritores. Un oficial francés, tras entrar en Zaragoza, dejó escrito: ¡Qué guerra! ¡La victoria da miedo!. Zaragoza sería tomada el 21 de febrero de 1809, la batalla no acabo ahí, solo se cambio de forma, pasando a guerra de guerrillas hasta la total expulsión de las tropas francesas.